Биоинформатики Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ и Калифорнийского университета в Сан-Диего разработали ассемблер metaviralSPAdes, который позволяет найти и собрать геном вируса среди множества других последовательностей.
Об этом сообщает пресс-служба российского вуза в понедельник. Новая разработка поможет быстрее и удобнее расшифровывать геномы патогенов, а значит — даст возможность быстрее приступить к разработкам тест-систем и вакцин от опасных инфекций.
Научная статья с результатами работы опубликована в журнале Bioinformatics. Ученые отмечают, что с появлением нового вируса биологи в первую очередь берутся за расшифровку его генома, но секвенирование генома нового патогена во время его вспышки осложняется наличием в отобранном биоматериале геномов многих вирусов и бактерий.
Поэтому исследователям приходится собирать геном вируса, как пазл из миллиона фрагментов. Для сборки последовательности генома сегодня активно применяется созданный восемь лет назад российско-американской командой ученых сборщик SPAdes.